Merhaba,
Eğer söz konusu server daha önceden domain controller olarak yapılandırılmamış ise, o server ı Metadata Cleanup işlemi sırasında görememeniz normal bir durumdur.
Bu tür durumlarda eski CA nize ait bilgileri Active Directory den manual olarak silmeniz gerekmektedir. Active Directory backup larınızı mutlaka alınız. ;Bu konu ile ilgili Aşağıda makaleyi değerlendirmenizi öneririm;
How to remove manually Enterprise Windows Certificate Authority from Windows 2000/2003 Domain
İyi Çalışmalar.
Selçuk Arslan






