Merhaba,
Eğer söz konusu server daha önceden domain controller olarak yapılandırılmamış ise, o server ı Metadata Cleanup işlemi sırasında görememeniz normal bir durumdur.

Bu tür durumlarda eski CA nize ait bilgileri Active Directory den manual olarak silmeniz gerekmektedir. Active Directory backup larınızı mutlaka alınız. ;Bu konu ile ilgili Aşağıda makaleyi değerlendirmenizi öneririm;

How to remove manually Enterprise Windows Certificate Authority from Windows 2000/2003 Domain

İyi Çalışmalar.

Selçuk Arslan