Merhaba Sokrates,
Sunucuyu domain ortamına alabilirsiniz sorun olmaz, ancak bağlanacak kullanıcıları tekrardan ayarlamanız gerekebilir.
Sunucunun ismini değiştirme konusuna gelince; kullanıcılar RDP Sunucuya bağlanacakları zaman "rdp.domainadi" şeklinde bağlanıyorlar. Sen bu ismi değiştirdiğin zaman karşıdan bağlanacak olan kullanıcılar için, bu yeni sunucu ismini de gidip dns sunucuya girmen gerekecek.
Daha sonra bu sunucununun yeni adına uygun bir sertifika almalısın.
Lisans konusunda emin değilim ama sorun çıkmamalı diye düşünüyorum.