Canım arkadaşım, anlattıklarınız bölük pörçük ve eksik, sanırım bazı temel hatalar yapıyorsunuz, bilgilerinizi güncellemenizi tavsiye ederim. Sisteminizi güzelce ve açıkça anlatırsanız yardımcı olamaya çalışırız ancak bu anlattıklarınız ile birilerinin size yardım edebilmesi biraz zor.

Hangi gpo ların uygulandığını tabikide görebilirsiniz, resultand set of policy diye bir consol mevcut ancak gpoların uygulanmaması gibi bir durum olması pek mümkün diğil, ben hiç rastlamadım, bence birşeyleri hatalı yaptınız.

Ağ üzerinde iki server ve iki ip bloğundan bahsetmişsiniz, çok klasik bir hata olarak acaba subnet hatasımı yaptınız, mesela örnek vermek gerekir ise
192.168.1.10
255.255.255.0

ile

192.168.2.10
255.255.255.0

bu ipleri subnetleri ile çözdüğünüzde aynı çıkar, yani bu ipler görünüşte farklı olasalar da birbiri ile çakışırlar, tabikide fiziksel olarak aynı ağda iseler.

Benim size tavsiyem, sistem uzmanı bir arkadaşınız var ise onu çağırıp sisteminize bir baktırmanız.
Kolay gelsin.