Hocam merhaba,

Eğer hata aldığınız yani replikasyon yapmayan DC aynı zamanda Exchange server değilse ve FSMO rollerini üzerinde bulundurmuyorsa;
FSMO rollerinin hangi server üzerinde olduğunu support tools yüklü bir DC'den netdom query fsmo komutu ile bulabilirsiniz.

Size tavsiyem NTDSUTIL ile hata aldığınız DC yi directory den kaldırmanız sonrasında formatlayıp yeniden kurmanız olacak.
Bunu yapmak için çalışan DC'de support tool'un yüklü olması gerekiyor sonrasında,

1- Ntdsutil and press ENTER
2- metadata cleanup and press Enter
3- connections and press Enter
4- connect to server <servername(çalışan DC'nin adı)>
5- q and press Enter
6- select operation target and press Enter
7- list domains and press Enter
8- select domain <number>
9- list sites and press Enter
10- select site <number>
11- list servers in site and press Enter
12- select server <number>
13- q and press Enter
14- remove selected server and press Enter
15- quit and press Enter to EXIT

Bu adımların sonrasında Active Directory Site and Services'den DC'yi silmeniz ve diğer DC'nin replikasyon tablosundan silmeniz gerekiyor.
Ayrıca DNS ve Active Directory Users and Computer'den bu DC'yi silmeniz gerekiyor.
NTDSUTIL kullanımı için aşağıdaki linkten ayrıntılı bilgi alabilirsiniz;
http://support.microsoft.com/kb/216498

Eğer replikasyon yapmayan DC Exchange server ve FSMO rolleri bu DC üzerindeyse sorunu çözmeye çalışalım. Bunun için yapınız hakkında ayrıntılı bilgi vermenizi rica edicem.