Şöyle izah edeyim;
Öncelikle 1 tane SSP işinizi görecektir. açacağınız adresler mesela http://portal/sites/firma1
http://portal/sites/bolum1 vs. gibi root siteler açabilirsiniz. sonra bunların altında subsite lar açarsınız http://portal/sites/firma1/bayi1 gibi.
siz benim dediğim gibi user profile import yaparsanız single sing-on olurlar. yani domainde yetki verdiğiniz kişiler girer. yetki verirler inherit olup olmadığını kontrol ediniz lütfen.
siz sharepoint e kullanıcı eklerken AD içerisindekileri çözer ve onları ekler.
site açmak için Central Administration üzerinde Application Management (uygulama Yönetimi) kısmından Create site collection ile yapabilirsiniz.