merhabalar şunu da deneyebilirsiniz.
ISA Server'ı safe mode'da açın. remote desktop kutucuğunu temizleyin. server'ı normal bir biçimde tekrar açın. remote desktop seçeneğini tekrar aktif hale getirin.

kesin emin olmamakla beraber bu aralar 2003 server'larda rdp seçeneği aktif olmasına rağmen bu tür sorunlar gelmektedir.
rdp ile bağlanmada problem olan server'ları bu şekilde tekrar aktif hale getirmiştim.
umarım işinize yarar.