Merhaba,
Öncelikle Exchange database yedeklerinizi mutlaka günlük olarak almanızı öneririm. Böylece log ların yer kaplamasınında önüne geçebilirsin.
Belirttiğiniz gibi Mailbox'lara storage quota uygulayabilirsiniz. Burada dikkat etmeniz gereken kullanıcıların gerçektan ihtiyacı olan alanı onlara vermiş olmanız.
Son olarak eğer lisansınız varsa Exchange Server 2010'un arşivleme çözümünü kullanmanızı öneririm. Böylece sizin belirleyeceğiniz bir tarihten önce gelen mailleri ayrı bir database'de ayrı bir storage'da tutabilirsiniz.