Mustafa Bey merhaba,

Mevcuttaki vCenter server'ınızı kullanacaksanız yapmanız gereken adımlar;
1- SSO database'ini manuel oluşturmanız gerekiyor. bu yüzden vcenter sql database'inizde aşağıda belirtilen scripti çalıştırın
vcenter kurulum klasörü\Single Sign On\DBScripts\SSOServer\schema\mssql klasörü altındaki
rsaIMSLiteMSSQLSetupTablespaces.sql scripti. Not:script içindeki db klasör ayarlarını ortamınıza göre uyarlayın
2- mevcut vcenter'da vcenter kurulumunu simple install olarak başlatın. bu işlem öncelikle SSO,Inventory Servis uygulamalarını kuracaktır,sonrasında mevcut vCenter'ı upgrade edecektir. Upgrade işlemi bu şekilde bitecek
3- ESX host'larınızı upgrade etmek yerine tekrardan (clean install) kurmanızı tavsiye ederim.
4- vCenter ve ESXi kurulumları sonrası VM'lerinizde öncelikle VMTools sonrasında VM hardware versiyon yükseltmesini yapın
5- VMFS datastore'larınızı vCenter ve ESXi kurulumları sonrası online VMFS5'e upgrade edebilirsiniz ama tavsiyem eğer yeterli disk alanınız varsa VM'lerinizi farklı datastore'lara taşıyarak VMFS3 olanları formatlayarak VMFS5'e yükseltmenizdir.
6- Eğer ortamınızda distributed switch kullanıyorsanız upgrade sonrası sorun yaşayabilirsiniz. çözümü için aşağıdaki link yardımcı olacaktır.(Türkçedir)
VMware Communities: iyilmaz's Blog: vCenter 5.1 upgrade sonrası dVS sorunu