Ahmet hocam merhaba,
Nihayetinde sorunu çözdüm. SQL Server 2008 R2 ve SQL Server 2012'e bağlantı sağlanabilmesi için programın INI uzantılı dosyasının konfigürasyon ayarlarında aynen şu şekilde işlem yapılması gerekiyor.

SERVER-IP ya da ADI\SQLSERVER ADI,1433

Server ip'sinin yanına \ işareti koyup SQL SERVER ADI'nı yazıp en sonuna virgül koyarak portu eklemek gerekiyor. SQL Server'in portu genelde 1433 olduğu için ,1433 yazarak sorunu çözebiliyoruz.

Yönlendirmeleriniz için teşekkür ederim. Konuyu kapatabiliriz.