Mantık şu.
1 – Ortamda bir 2008 ve active directory bunun üzerinde.
2 – Dosya paylaşımı için bir 2003 server kuruyorsun ve bunu domain’e alıyorsun.
3 – Paylaşmak istediğin dataların güvenlik sekmesinden kullanıcı yetkilendirmelerini yapıyorsun.

2003 üzerinde bir active directory daha kuramazsın, ortamda zaden bir tane domain controller var. Ama additional domain controller kurabilirsin ve tavsiye de ederim, 2008 e bir şey olursa domain ayakta kalsın diye.

Domaindeki kullanıcıları görmek için ad kurman gerekmiyor, 2003 ü domain’e alman yeterli, tüm kullanıcıları görecektir.