Selamlar,
Eger ikisi farklı portta çalışıyorsa zaten IIS'in sorun çıkartacağını sanmıyorum. Dediğine gore birisi 85 diğeri de 80 de çalışıyordu. sorun yaratmaz , dns'e CNAME olarak eklersen ve apache de aynı şekilde FQDN i tanımlarsan sorun çıkartacağını sanmıyorum.

Kolay gelsin