merhabalar
ne tür uygulama kullanacağınızı bilmediğimden sadece size bir fikir vermesi açısından ntfs permission'lar ile ilgili uygulamayı çalıştıracak kullanıcıların izinlerini verip diğerlerine deny vererek yapabiliyor iseniz daha kesin olur diye düşünüyorum.

ya da terminal server'a bağlanan kullanıcıları diyelim ki x uygulamayı kullananları bir OU'ya diğerlerini de y OU'suna koyarak ilgili programların çalışmasının group policy'den ayarlayabilirsiniz.

iyi çalışmalar...